撫遠市地處沉降的三江低沖積平原東部,地勢低洼,常有洪澇災害發生,西部略高于東部。地貌分低山地、漫平原、低平原、洪泛地四種類型。平原區海拔約在37-60米之間,山地最高峰為海拔279.1米的兩夾山。撫遠境內河、湖、泡、沼澤遍布,總水面達463099畝(直轄范圍401293畝)。較大河流有撫遠水道、濃江河、鴨綠江、別拉洪河。國境河流為黑龍江和烏蘇里江。
撫遠屬于大陸性季風氣候。夏季短而炎熱,冬季長而嚴寒,春季多風,夏季多雨。年平均降水600毫米左右,最多年份達949毫米。夏季初日最早在1時58分,落日最晚在20時5分。年平均日照2304小時。無霜期在115-130天之間,初霜期一般在9月下旬,終霜期在來年5月上旬。平均氣溫2.2℃,歷年平均積溫2381℃。撫遠地區凍結期長,每年11月上旬穩定結凍,翌年3月末開始解凍。凍土層達212厘米。
撫遠土地遼闊,自然資源富饒,有可利用水面26752.86公頃,優良捕魚灘地60余個;有可懇荒原100多萬畝,以開墾耕地338470畝,草原2733419畝,林地723919畝。有豐富的野生動物、植物資源和黃金、花崗巖、草炭等礦物資源,其中黑云母花崗巖儲量約1億立方米,草炭儲量約49030667立方米。
撫遠生態資源保存完好,是世界上僅存的三大黑土帶之一,土質肥沃,人均耕地面積達到50畝。撫遠以盛產鱘魚、鰉魚、大馬哈魚、“三花五羅”等名優特魚而聞名遐邇,是“中國鱘鰉魚之鄉”、“中國大馬哈魚之鄉”,品種有21科105種。撫遠是國家級生態示范區,生態環境優美,綠色覆蓋面積在70%以上。中國最大濕地--三江濕地,位于撫遠縣境內,濕地面積300萬公頃,已被列入國際重要濕地名錄。旅游資源豐富,“華夏東極”、“淡水魚都”、黑瞎子島、三江濕地、界江風光等旅游名片享譽海內外。